强直性脊柱炎会影响到骨头，出现下腰痛、胸痛、韧带炎、关节炎、骨质疏松等症状。强直性脊柱炎还会影响到骨头之外的眼、心脏、肺部、神经系统、肾脏。
腰痛：炎性腰背痛，一般青年发病(40岁以前)，持续时间超过3个月，夜间疼痛明显，让人辗转反侧难以入眠。还会间歇性臀部痛，像大腿根、后腰等发生疼痛。睡醒后会发僵，让人有“生锈的感觉”、疲劳感，活动后会减轻，但如果不活动只休息是不会改善的。吃止痛药管用，因其具有消炎作用。
胸痛：早期表现为咳嗽、打喷嚏时疼痛，晚期表现为扩胸运动受限。
韧带炎：临近关节的部位疼痛，像足跟、脚踝、膝关节周围等。
跟腱炎：外周关节炎，中轴骨、臀以外的关节发炎。特点是以下肢多见、不对称、很少畸形。
骨质疏松：与疾病破坏、慢性炎症等有关，可以出现骨痛，反复骨折，严重影响生活质量。
眼：1/4的患者在病程中发生眼色素膜炎，单侧或双侧交替，可反复发作甚至可致视力障碍。
肺部：极少数患者(3.5%～10%)出现肺上叶纤维化，主动脉瓣闭锁不全及传导障碍。
肾脏：可并发IgA肾病和淀粉样变性，出现血尿、蛋白尿、管型尿。
神经系统：表现为手足麻木、疼痛、排尿、排便不畅等。